«Пахтакор» свой первый официальный матч в чемпионате провел 8 апреля 1956 года с командой города Молотова (сейчас г. Пермь – Россия).
С 1960 года по 1991 гг. принимал участие в чемпионатах СССР.
Наивысшее достижение – 6-место (1962г., 1982г.). В розыгрыше Кубка СССР был финалистом (1968г.).
С 1992 г. бессменный участник чемпионатов Узбекистана. Наивысшее достижение - 8-кратный чемпион (1992, 1998, 2002-2007).
10-кратный обладатель кубка Узбекистана.
23 ноября 2000 года хозрасчетный футбольный клуб «Пахтакор» был преобразован в совместное предприятие «Футбольный клуб «Пахтакор» в форме общества с ограниченной ответственностью. На сегодняшний день «Пахтакор» - это узбекско-британское совместное предприятие. Учредителями СП «ФК «Пахтакор» являются Главное Управление Инвестиций Хокимията города Ташкента, Компания «Vegastar management LLp» и Частный Открытый Акционерный Коммерческий Банк «КАПИТАЛБАНК».
С 2002 г. - неизменный участник Лиги чемпионов АФК. Таким достижением в Азии не может похвастаться больше ни один клуб. «Пахтакор» дважды (2003, 2004гг.) играл в полуфинале этого турнира.
Основная команда принимает соперников на центральном стадионе “Пахтакор”, заново построенном в 2007-08 гг. и рассчитанном на почти 36 тысяч зрителей. В спортивном комплексе, отвечающем всем современным требованиям, также можно проводить соревнования по многим другим видам спорта. Например, обновлены сектора для легкой атлетики, созданы условия для теннисистов, борцов, функционирует шахматно-шашечный клуб. Тренировочный процесс проводится на базе в Кибрае.