Samarqand davlat universitetining tarixiy ildizi Temuriylar davriga borib taqaladi. Ilmu-fan, ma'naviyat va ma'rifat targ'ibotchilari bo'lgan Temuriylar hukumronligi davrida Samarqand mintaqasida va umuman Movarounnahr hududida, fan, ta'lim taraqqiyoti uchun to'liq ma'nodagi zaminu-asos yaratildi. Sohibqiron Amur Temur va uning davomchilari tomonidan bunyod etilgan qator madrasa-maktablar, nafaqat diniy ta'lim maskani bo'lib qolmasdan, ular dunyoviy bilimlar beruvchi makon ham edi. Ushbu madrasalardagi saboqlarning 70% dan ortig'ini dunyoviy predmetlar tashkil qilgan. Aslida Abu Ali ibn Sino, Al Xorazmiy, Zamaxshariy, Mahmud Qoshg'ariy kabi allomalarni voyaga yetkazgan yurtda ta'lim tizimini yanada taraqqiy qildirish, ilmu-fanni yuksaltirish uchun barcha imkoniyatlar mavjud bo'lganligi hech qanday bahsni talab qilmaydi. Ayniqsa, Temuriylar avlodining yorqin yulduzi, o'zbek ilmining faxri bo'lgan Muhammad Tarag'ay Ulug'bek yaratgan ilmiy maktabning salohiyati buyukdir. Registon maydonidagi Ulugbek madrasasi (1417-1420-yillarda qurilgan) so'zsiz Samarqand dorilfununining "beshigi", uning tashkil topish asosidir. Ushbu "alma matre"da Abdurahmon Jomiy, Alisher Navoiy, Hofiziy Obro', Mavlono Nafis, Samarqandiy, Lutfiy, Badaxshiy kabi mavlonolar tahsil olishgan va saboq berishgan. Ulug'bek astronomik maktabining vakillari Al Koshiy, Jamshid ibn Ma'sud, Qozizoda Rumiy, Ali Qushchi, Mahmud Xavofiylar madrasai-dorilfununda matemtika, astronomiya, hisoblash asoslari, jo'g'rofiya kabi tabiiy fanlardan dars berganlar. Temuriy va undan oldingi davrlar ta'lim an'analari keyingi asrlarda o'z davomini madrasa-maktablar bag'rida topdi va rus istilosi (XIX-asr) paytigacha uzluksiz ta'lim olish uchun xizmat qildi. Buning isbotini madrasalar qurilishining davom etganligida ham ko'rishimiz mumkin.